Ese mismo día el presidente Virgilio Barco Vargas ordenó su extradición a Estados Unidos bajo el cargo de Tráfico de drogas. Lehder se convirtió entonces en la más importante extradición, y seria el primero y que mas adelante incluiría a Jorge Ochoa.

En virtud del acuerdo de extradición vigente entre Colombia y Estados unidos Lehder fue enviado a cárceles de La Florida cuando su fortuna ascendía a los 2.5 millones de Dólares. Un año más tarde es procesado y condenado a cadena perpetua más 135 años, en el año 1992 consigue un acuerdo para testificar en contra del dictador panameño Manuel Antonio Noriega.

Además declaro su relación con Pablo Escobar Gaviria y menciono que cuba sirvió como puente para la comercialización de Narcóticos por lo cual obtiene una rebaja de penas de 55 años, sin derecho a libertad provisional pero con la protección y la estadía de su familia en este país. Durante muchos años la suerte de Carlos Lehder se baso en meras especulaciones, después de que fuera transferido de la cárcel de alta seguridad de Illinois a la de Maryland (Florida), en plena noche y luego de haber enviado una carta al juez que llevaba su caso.

Historias que afirmaban desde un supuesto acuerdo entre Lehder y los Estados Unidos, un cambio de identidad y de fisonomía. Según se aseguro mas tarde simplemente fue transferido a otra prisión dentro de un programa de protección a testigos, según se ha informado Carlos Lehder nunca será liberado debido a que posee mucha información con relación a la CIA. El 22 de julio de 2005 apareció en la corte de de apelaciones para rechazar su condena y alego que Estados Unidos no había cumplido sus acuerdos de cooperación hechos por el y la oficina del Fiscal.